吳茂昆曾擔任國科會主委期間推動以專題研究計劃為名 核定給自己5億元 研究成果卻沒人知道！

根據糾正報告，吳茂昆民國95年1月4日主持預算編列會議時強力支持推動e-Science計畫，該計畫係協助中研院建立長期穩定之國際網路連線並擴增資訊設施，監院認為不符學術研究性質；不過更讓監院質疑的是，吳茂昆回任中研院物理所長後就向國科會申請該計畫7.02預算，國科會以個別研究計畫型態核定補助吳茂昆5億經費。

監察院認為國科會補助其前主委以研究經費擴增基礎設施及經常性維運經費高達5億元，導致排擠其他研究計畫之資源，影響國內科技研發能量，認定有違失。

陳宜民質疑，吳茂昆擔任國科會主委、中研院物理所所長時候的這5億元，最後去哪了?當時排擠掉其他的科研預算，最後達成了甚麼樣的成果?吳茂昆應該對全國人民說清楚。

陳宜民表示，吳茂昆不僅多次前往大陸，更被爆出曾擔任中共軍方色彩的「西部超導材料科技有限公司」技術顧問，問題比「管爺」複雜的多，台灣真的就沒有更適合擔任教育部長的人選嗎？還是決心「卡管」卡到底？